La Junta Directiva es el máximo órgano de dirección de la ESE Hospital La María.La conforman tres (3) estamentos y cada uno con sus respectivos integrantes, así:
1. ESTAMENTO POLÍTICO-ADMINISTRATIVO
El Gobernador o su delegado, quien la presidirá.
El Secretario de la Dirección Seccional de salud de Antioquia.
2. ESTAMENTO CIENTÍFICO DE LA SALUD
Un Representante de los profesionales de la salud de la E.S.E.
Un Representante de los profesionales de la salud del área de influencia.
3. ESTAMENTO DE LA COMUNIDAD
Un representantes de la alianza o asociación de usuarios de la E.S.E.
Un representante de los gremios de producción del área de influencia.